На данной страничке можно будет познакомиться с праймерами, которые успешно прошли испытательный срок и работают вместе с нашими растениями и бактериями 😉

Название

5'-3' последовательность

Длина, п.о.

Мишень ДНК

Ссылка

Примечание

Праймеры для бактерий

FD1agagtttgatcctggctcag2016S рРНК(Weisburg et al., 1991)универсальный
RD1aaggaggtgatccagcc1716S рРНК(Weisburg et al., 1991)универсальный
BD_Faacttcgtgccagcagc1716S рРНК(Коростик с соавт., 2006)для секвенирования гена 16S рРНК
BD_Rgtcatccccaccttcctc1816S рРНК(Коростик с соавт., 2006)для секвенирования гена 16S рРНК
FGPL 132ccgggtttccccattcgg1816S-23S рРНК (ITS)-регион(Navarro et al., 1992)универсальный
FGPS 1490-72tgcggctggatcccctcctt2016S-23S рРНК (ITS)-регион(Ponsonnet and Nesme, 1994)универсальный
ITSRcgcagcgtatcacgtccttc2016S-23S рРНК (ITS)-регион(Зотов с соавт., 2012)альтернатива FGPL 132-праймеру для ризобий с меньшим по длине продуктом
ITSR2gcgttcgctcgccactac1816S-23S рРНК (ITS)-регион(Зотов с соавт., 2012)альтернатива FGPL 132-праймеру для ризобий с большим по длине продуктом
Ile-Faagcgtggggtcggaagttc20Ген тРНК - Ile (ITS)(Зотов с соавт., 2012)общий для ризобий
Alagctctcccagctgagcta18Ген тРНК - Ala (ITS)(Зотов с соавт., 2012)общий для ризобий
Ala-Rctctcccagctgagctacag20Ген тРНК - Ala (ITS)(Зотов с соавт., 2012)для рода Rhizobium
FGPD807cactgctaccggtcgatgaa20nifD-K(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. viciae, trifolii, phaseoli; вместе с FGPK492'
FGPK492'gatgacctcggccat15nifD-K(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. viciae, trifolii, phaseoli; вместе с FGPD807
NBA12ggatsgcaatcatctayrgmrtgg24nodD + nodD-nodF (межгенный регион)(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. viciae, trifolii; вместе с NBF12'
NBF12'ggatcraaagcatccrcastatgg24(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. viciae, trifolii; вместе с NBA12
NODD2PH678tgagttgcaagggccttgatc21ген nodD2(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. phaseoli; вместе с NODD3PH2152' или NODDRL2'
NODD3PH2152'agatgactgcgcccccgatag21ген nodD2 + nodD2-nodD3 (межгенный регион)(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. phaseoli; вместе с NODD2PH678
NODDRL2'ctcgcgcatccakatgtttcc21ген nodD/nodD2, в зависимости от биовара(Laguerre et al., 1996)для R. leguminosarum bv. viciae, trifolii, phaseoli; вместе с NODD2PH678
nodCI`cghgacagccartcrctrttg21nodC(Laguerre et al., 2001)универсальный для ризобий; вместе с праймером nodCF`
nodCF`aygtngtygaygayggttc19nodC(Laguerre et al., 2001)универсальный для ризобий; вместе с праймером nodCI`
nifHFtacggnaarggsggnatcggcaa23nifH(Laguerre et al., 2001)универсальный для ризобий; вместе с праймером nifHI
nifHIagcatgtcytcsagytcntcca22nifH(Laguerre et al., 2001)универсальный для ризобий; вместе с праймером nifHF
Pr. CTAG1ctggaatcgattccagctag20saAFLP(Зотов с соавт., 2012)универсальный
Ad. CTAG1ctagctggaatcgattccag20saAFLP(Зотов с соавт., 2012)универсальный
ERIC 1Ratgtaagctcctggggattcac22enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)(Versalovic et al., 1991)
ERIC 2aagtaagtgactggggtgagcg22enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)(Versalovic et al., 1991)
BOX A1Rctacggcaaggcgacgctgacg22BOX element(Martin et al., 1992)
REP1R-Iiiiicgicgicatciggc18repetitive extragenic palindromic (REP)(Versalovic et al., 1991)
REP2-Iicgicttatciggcctac18repetitive extragenic palindromic (REP)(Versalovic et al., 1991)
Box_S3ggcgacgctgacg13BOX element(Zotov et al., 2010)отличный для рапсовых ксантомонад! Возможно: 1ц: 94°С - 2`; 35ц: 94°C -30``, 50°C - 30``, 72°C - 1,5`; 1ц: 72°C - 5`.
UP1gaagtcatcatgaccgttctgcaygcnggnggnaarttyga41gyrB(Yamamoto and Harayama, 1995)универсальный, необходима оптимизация условий ПЦР
UP2ragcagggtacggatgtgcgagccrtcnacrtcngcrtcngtca43gyrB(Yamamoto and Harayama, 1995)универсальный, необходима оптимизация условий ПЦР
BT_gyrB_Fcttgaaggactagargcagt20gyrB(Пунина с соавт., 2013)для рода Bacillus thuringiensis
BT_gyrB_Frggtgargatgttcgtgaagg20gyrB(Пунина с соавт., 2013)для рода Bacillus thuringiensis
BT_gyrB_Rfccttcacgaacatcytcacc20gyrB(Пунина с соавт., 2013)для рода Bacillus thuringiensis
BT_gyrB_Rtggataaagttacgacgygg20gyrB(Пунина с соавт., 2013)для рода Bacillus thuringiensis
M13DirLgttgtaaaacgacggccagtg21клонирование-реамплификация, секвенированиеуниверсальный
M13Rev(-48)agcggataacaatttcacacagga24клонирование-реамплификация, секвенированиеуниверсальный

Праймеры для растений

ITS1tccgtaggtgaacctgcgg1918S-5,5S-28S рРНК (ITS)-регион(White et al., 1990)прямой праймер на 3`-конец гена 18S рРНК
ITS2gctgcgttcttcatcgatgc2018S-5,5S-28S рРНК (ITS)-регион(White et al., 1990)обратный праймер на ген 5,8S рРНК
ITS3gcatcgatgaagaacgcagc2018S-5,5S-28S рРНК (ITS)-регион(White et al., 1990)прямой праймер на ген 5,8S рРНК
ITS4tcctccgcttattgatatgc2018S-5,5S-28S рРНК (ITS)-регион(White et al., 1990)обратный праймер на 5`-конец гена 28S рРНК
ITS5ggaagtaaaagtcgtaacaagg2218S-5,5S-28S рРНК (ITS)-регион(White et al., 1990)прямой праймер на 3`-конец гена 18S рРНК
(CA)8RGcacacacacacacacarg18ISSR(Svetleva et al., 2006)информативен для Phaseolus vulgaris
(CA)7YCcacacacacacacayc16ISSR(Sicard et al., 2005)для Phaseolus vulgaris
(GA)7RCgagagagagagagarc16ISSR(Sicard et al., 2005)для Phaseolus vulgaris
(GA)8YTgagagagagagagagayt18ISSR(Svetleva et al., 2006)информативен для Phaseolus vulgaris
(AG)7Cagagagagagagagc15ISSR(Sicard et al., 2005)для Phaseolus vulgaris
(AG)8YTagagagagagagagagyt18ISSR(Svetleva et al., 2006)информативен для Phaseolus vulgaris
(AG)8YCagagagagagagagagyc18ISSR(Svetleva et al., 2006)для Phaseolus vulgaris
(AC)8YAacacacacacacacacya18ISSR(Svetleva et al., 2006)для Phaseolus vulgaris
(AC)8YGacacacacacacacacyg18ISSR(Svetleva et al., 2006)для Phaseolus vulgaris
(GT)8YCgtgtgtgtgtgtgtgtyc18ISSR(Svetleva et al., 2006)для Phaseolus vulgaris
(GT)8YGgtgtgtgtgtgtgtgtyg18ISSR(Svetleva et al., 2006)информативен для Phaseolus vulgaris
(AG)8YGagagagagagagagagyg18ISSR(Svetleva et al., 2006)для Phaseolus vulgaris
(AC)8YTacacacacacacacacyt18ISSR(Svetleva et al., 2006)информативен для Phaseolus vulgaris
(GTG)4RCgtggtggtggtgrc14ISSR(Sicard et al., 2005)для Phaseolus vulgaris